L'APT a été créée le 8 juin 1999, en vertu de la Loi maritime du Canada. L'APT a succédé aux Commissaires du havre de Toronto, fondés en 1911. L'APT est une organisation autonome qui ne reçoit de financement public d'aucun ordre de gouvernement. L'APT est responsable devant le gouvernement fédéral, par l'entremise de Transports Canada, et elle est guidée par un Conseil d'administration de neuf membres qui sont nommés par les gouvernements de tous les échelons – municipal, provincial et fédéral. L'entente tripartite est un contrat qui régit la gestion et l'exploitation de l'Aéroport Billy Bishop et qui est établi entre trois signataires : Sa Majesté du chef du Canada, représentée par le ministre des Transports, la Ville de Toronto et l'Administration portuaire de Toronto. L'entente tripartite reconnaît que l'APT exploite les installations d'un aéroport public, mais principalement sur des terrains privés qu'elle détient. Tous les bâtiments et les structures à l'aéroport sont situés sur les terrains de l'APT. Depuis 2009, l'APT a investi plus de 5,6 millions de dollars dans des initiatives communautaires et environnementales en visant les piliers que sont les activités sportives et récréatives, les arts et la culture, la protection de l'environnement et l'éducation. En 2013, l'APT a réinvesti plus de 42 millions de dollars dans l'infrastructure riveraine, du remplacement de matériel à l'entretien et la restauration de nos diverses installations le long du secteur riverain. L'APT s'engage à investir dans des projets qui contribuent à la protection de l'environnement, puis à mener ces projets. Par exemple, L'APT et l'Office de protection de la nature de Toronto et de la région ont récemment achevé la création d'une zone humide et d'un habitat du poisson dans le parc Tommy Thompson, sur la flèche de la rue Leslie. L'APT et l'Aéroport Billy Bishop sont respectivement la seule administration portuaire et le seul aéroport au Canada qui choisissent de l'énergie renouvelable pour toutes leurs installations et ils font partie des plus importants utilisateurs de Bullfrog Power au pays. L'APT a pris un engagement envers la communauté par diverses initiatives, notamment le Comité de liaison communautaire, le festival de film annuel Sail-In Cinema de l'APT, ainsi que le comité de construction du tunnel. L'APT est la seule administration portuaire au Canada qui détient et exploite un aéroport.